ACTIVITE 09 : LA STRUCTURE DE LA MOLECULE D'ADN.

CONSIGNES IMPORTANTES :
1/ Le logiciel Rastop utilisé dans ce TP est présent dans le dossier "logiciels SVT"
2/ Toutes les molécules utilisées durant ce travail se trouvent dans le dossier "travail seconde adn TP9" présent dans le dossier SVT de votre répertoire ressources.
3/ Dans votre compte-rendu, vous reprendrez le plan et vous répondrez aux questions sous forme de phrases construites et complètes.
4/ Une fiche technique Rastop est à votre disposition dans le dossier "travail seconde adn TP9"

1/ STRUCTURE GENERALE DE L'ADN

Chargez la molécule "ADN.PDB"
Choississez la représentation "boules et bâtonnets." Réfléchissez à ce que représente les boules et les bâtonnets.
Remarque : Ce fichier ne représente qu'un PETIT FRAGMENT d'une molécule d'ADN

Manipulez la molécule en essayant de comprendre sa structure.
Demandez les "atomes" colorés par "chain"
Il est possible après "sélection d'une chaîne" de l'effacer puis de la rétablir en cliquant sur la représentation "boules et bâtonnets."
Revenir à la couleur "CPK".

Proposez un schéma de la structure de la molécule d'ADN en insistant sur la position d'une chaîne par rapport à l'autre.

2/ L'ADN est est constitué de couples de nucléotides.

Mettez le fichier "Adn.pdb" en présentation "boules et bâtonnets"
Dans la barre de menu, sélectionnez "atomes", colorés en mode "shapely" (chaque couleur caractérise un type de groupe d'atomes appelé nucléotide)

L'enchaînement répétitif des petites molécules (nucléotides) constitue une grosse molécule : un polymère.

Les 4 sortes de nucléotides s'appellent :
- nucléotide à Adénine (coloré en bleu)
- nucléotide à Thymine (coloré en vert)
- nucléotide à Guanine (coloré en rose)
- nucléotide à Cytosine (coloré en jaune)

En 1951, Chargaff évalue la quantité de nucléotides dans l'Adn de cellules de différentes espèces (résultats exprimés en %, chaque ligne = 100%)

Organismes

A

C

G

T

Homme

30,9

19,8

19,9

29,4

Mouton

29,3

21

21,4

28,3

Poule

28,8

21,5

20,5

29,3

Saumon

29,7

20,4

20,8

29,1

criquet

29,3

20,7

20,5

29,3

bactérie

24,7

25,7

26

23,6

les marges d'erreur sont de + ou - 1%.

1/ A partir du tableau, comparez pour chaque espèce la proportion en nucléotides A, T, C, G.

2/ A partir de l'observation de la molécule d'ADN sur RASTOP, expliquez les résultats obtenus par Chargaff.

3/ Les liaisons entre nucléotides complémentaires

Revenez à la molécule adn.pdb.
cliquez sur le menu "liaisons" -> "liaisons Hydrogène" -> "afficher".

1/ Que peut-on dire du rôle des liaisons hydrogènes dans la structure de la molécule d'ADN ?

2/ A partir du travail réalisé dans les 3 premières parties, vous rédigerez une conclusion expliquant la structure de l'ADN en précisant pourquoi l'ADN est un polymère.

4/ La molécule d'ADN : Schéma structural

A l'aide des modèles ci-contre, proposez un schéma de la molécule d'Adn non torsadé, mettant en évidence les différents constituants ainsi que leurs noms, leurs positions respectives et tous les types de liaisons (liaisons fortes = liaisons covalentes et liaisons faibles = liaisons hydrogène).

Vous ne représenterez qu'une portion d'ADN constituée de 6 couples de nucléotides.